Aujourd'hui après une répudiation par la famille, elle souhaite savoir au regard de Dieu, connaître les obligations à accomplir pour retrouver une légitimité ?

D'abord et avant tout: At-tawba (le repentir sincére vers Dieu). Car c'est Dieu qu'on doit d'abord craindre avant tout.
Voici les démarches qu'on vous propose:
0. Ne plus vivre avec cet homme (séparation en attendant le mariage religieux).
1. Attendre l'accouchement (comme mentionné dans d'autres post: la 'idda de la femme qui est enceinte est son accouchement).
Pour ce point voir utilement un autre avis sur :
http://www.islamophile.org/spip/article1429.html?var_recherche=viduit%C3%A9
2.Célébrer un mariage religieux avec cet homme (l'Imam d'une mosquée ou d'une association islamique peut vous le faire) ET Un mariage civil car ce mariage civil va assurer à cette femme ses droits et sa protection.

En résumé :
*Hanafites et Shafiites : pas de ‘idda après la fornication, car le sperme du fornicateur n’a aucune sacralité et donc les deux fornicateurs peuvent se marier juste après repentir même si la femme est enceinte.
*Malikite et hanbalite : la ‘idda est exigée de la femme fornicatrice comme celle qui n’est pas fornicatrice. Certains malikites la limite à une menstrue (Istibrâ) pour constater la vacuité de l'utérus ,mais l'avis majoritaire des malikites est qu'il est exigé une 'idda comme celle de la divorcée.

L'enfant qui est naît de cette relation est innocent au regard de Dieu.
Il y a des savants(Fuqaha) qui ont dit que si l'enfant est reconnu par son père et si la mère n'est pas marié à un autre homme: l'enfant ainsi né est affecté à son père et recevra tous ses droits comme l'enfant légitime (héritage...). Abû Hanîfa a préconisé le 'Satr' (cela veut dire que cet homme épouse cette femme et affecte à lui l'enfant (né de leur union illicite) pour 'ne pas dévoiler ce péché')
Enfin, au cas de désaveu du père, la filiation est toujours maintenue à l’égard de la mère (ce qu'on appelle ici en France (dans le droit français 'enfant naturel').

N'oubliez jamais que Dieu pardonne tous les péchés : revenir donc à Lui sincérement (tawba) (abondonner le péché et se résoudre à ne plus revenir à ce péché), regretter, demander Pardon à Dieu et multiplier les bons actes car les bons actes effacent les mauvais.

NB: l'union licite entre un homme et une femme se fait avec le mariage islamique (religieux) détaillé dans le chapitre: 'Mariage islamique' de ce site.
Avant le mariage islamique, l'homme et la femme ne pourront ni vivre ensemble, ni voyager ensemble ni s'isoler dans un endroit (khulwa): ceci est interdit pour tous les savants de l'Islam. Ceci pour éviter de tomber dans le grand péché de la fornication (az-zinâ)...

L'Islam encourage le mariage, protége la famille et la filiation (nasab) et veut que la société musulmane soit basée sur des liens solides et sains: pour que les enfants grandissent dans la bonne éducation et dans un cardre sain et bien basé.

Pour la question de la filiation (des enfants issus de l'union non légitime (zinâ) ): voir aussi en arabe:
http://egyig.com/muntada/showthread.php?t=520